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FIGURE DISCOVERY LAB · OPEN 38

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RESEARCH SELECTION

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PLATE 01FOXP3 在子宫内膜癌中的双组小提琴图示例

小提琴图

Violin plot

同时查看两组数据的分布形态、离散程度、中位数与原始观测值。

怎么读
横轴=组别 · 纵轴=连续数值
可用于
两组患者指标 · 实验与对照 · 不同分型表达量
常用方法
Mann–Whitney U 检验 · Wilcoxon 秩和检验 · 核密度估计
所需数据
连续数值 · 独立两组 · 长表 CSV
比较与差异开始制作
PLATE 02四个基因下野生型与突变型的多组并列小提琴图示例

多组并列小提琴图

Grouped violin plot

在一个共享纵轴的宽画布中,比较多个类别下同一对全局分组的数据分布与逐类别差异。

怎么读
横轴=指标或类别 · 纵轴=连续数值
可用于
多基因表达 · 多指标组间比较 · 不同细胞亚群评分
常用方法
Mann–Whitney U 检验 · Wilcoxon 秩和检验 · BH/FDR 校正
所需数据
连续数值 · 固定两个全局组 · 2–10 个类别 · 长表 CSV
比较与差异开始制作
PLATE 03三种干预方案在 0、4、8 时间点的均值趋势与标准误示例

分组趋势折线图

Grouped line plot

比较多个组在有序时间点上的均值变化,并用标准误表达当前样本的不确定性。

怎么读
横轴=有序时间、剂量或阶段 · 纵轴=汇总数值
可用于
随访指标 · 药物剂量反应 · 动物实验时间序列
常用方法
均值 · 标准误(SE) · 描述性时间趋势
所需数据
连续数值 · 2–6 个组 · 2–12 个时间点 · 长表 CSV
变化趋势 / 比较与差异开始制作
PLATE 04早期与晚期肿瘤中四种免疫表型的蜂群分布示例

分组蜂群点图

Grouped beeswarm plot

并列查看多个阶段中各组的原始观测分布,并以均值线概括中心位置。

怎么读
横轴=阶段 × 组别 · 纵轴=连续数值
可用于
患者个体值 · 细胞或动物观测 · 多阶段实验结果
常用方法
原始观测 · 确定性抖动 · 均值
所需数据
连续数值 · 2–4 个阶段 · 2–8 个组 · 长表 CSV
比较与差异开始制作
PLATE 05三种治疗方案在治疗前、2 周、6 周的均值柱、原始点和标准误示例

分组柱状图

Grouped bar plot

比较多个阶段中各组的均值,同时保留原始观测和标准误。

怎么读
横轴=阶段与组别 · 柱高=均值
可用于
实验分组比较 · 疗效指标 · 多时间点终点
常用方法
均值 · 标准误(SE) · 原始观测
所需数据
连续数值 · 2–4 个阶段 · 2–8 个组 · 长表 CSV
比较与差异开始制作
PLATE 06展示十二个样本分布、分类注释与背景分块的山脊密度图

山脊密度图

Ridgeline plot

按组和可选分面比较连续变量的分布形态,并可叠加分类注释、背景分块或原始观测条码。

怎么读
横轴=连续数值 · 山脊宽度=局部密度
可用于
患者评分分布 · 表达量分布 · 多队列分面
常用方法
Gaussian 核密度估计 · 可选分类注释 · 可选原始观测条码
所需数据
连续数值 · 分组长表 · annotation、block、facet 选填 · CSV
比较与差异开始制作
PLATE 07流感、COVID-19 与 RSV 每周新增及康复病例的双向堆叠面积图

双向堆叠面积图

Diverging stacked area chart

以零线分隔两类状态,连续展示各类别随时间变化的数量或侧内构成。

怎么读
横轴=时间或随访阶段 · 零线上下=两类方向相反的医学状态
可用于
传染病新增与康复监测 · 症状恶化与缓解构成 · 生物标志物上调与下调趋势
常用方法
双向堆叠面积 · 可选侧内 100% 归一化 · 纵向描述性趋势
所需数据
时间点 · 正负两类状态 · 非负计数或比例 · 长表 CSV
变化趋势 / 组成与比例开始制作
PLATE 08IL6、TNF 与 IL12 三项指标的三组柱体、95% CI 与 Holm 校正精确 P 值

带显著性检验的分组柱状图

Grouped bar plot with significance testing

自由选择两组或多组比较组合,并根据组数与配对结构自动完成经校正的统计检验。

怎么读
柱高=组均值 · 误差棒=SD、SE 或 95% CI
可用于
多终点实验 · 剂量组比较 · 生物标志物比较
常用方法
Welch/配对 t 检验 · Welch/重复测量 ANOVA · Holm 多重校正
所需数据
样本级连续数值 · 2–6 个组 · 1–12 个指标 · 长表 CSV
比较与差异开始制作
PLATE 09用效应方向与大小、显著性展示正向、负向和重点条目的差异火山图示例

差异火山图

Differential volcano plot

用效应方向与大小、显著性同时筛选并突出差异条目,不限定条目必须是基因。

怎么读
横轴=效应方向和大小 · 纵轴=−log10(P/q/FDR)
可用于
基因或蛋白 · 代谢物或菌群 · 细胞类型
常用方法
效应量阈值 · P/q/FDR 阈值 · −log10(显著性)
所需数据
已完成的差异分析结果 · 条目级表格 · CSV
组学结果 / 比较与差异开始制作
PLATE 10肿瘤免疫相关变量的 Spearman 相关性矩阵热图

经典相关性矩阵热图

Correlation matrix heatmap

集中展示多个连续变量两两相关的方向、强度与统计显著性,并可选变量分类色条。

怎么读
横纵轴=同一组连续变量 · 颜色=相关系数方向与强度
可用于
临床指标相关 · 组学特征相关 · 动物实验指标相关
常用方法
Pearson 相关 · Spearman 秩相关 · BH/FDR 校正
所需数据
样本级宽表 · 数值变量 · 变量分组 CSV 选填
相关与关联开始制作
PLATE 11原发灶与转移灶中 CXCL9 表达和 CD8 T 细胞浸润的散点相关性图

散点相关性图

Correlation scatter plot

展示一对连续变量的原始观测、相关系数、回归趋势与置信区间,并用可选边际分布检查偏态、离群值和组间差异。

怎么读
横轴=变量 X · 纵轴=变量 Y
可用于
临床指标关联 · 表达与浸润 · 剂量与反应
常用方法
Pearson 相关 · Spearman 秩相关 · 线性回归
所需数据
x 与 y 数值列 · group 选填 · 样本级 CSV
相关与关联开始制作
PLATE 12免疫细胞相关系数示例,展示效应方向、绝对大小与五级显著性配色

效应量棒棒糖图

Effect-size lollipop plot

在多个特征中同时展示预计算效应量的方向、大小和 P 值显著性层级。

怎么读
棒的方向与长度=效应量的方向与大小 · 点大小=效应量绝对值
可用于
相关与偏相关 · 回归系数 · 差异表达 log₂FC
常用方法
预计算方向性效应量 · -log10(P) 五级分层 · 绝对效应量点尺寸
所需数据
特征名称 · 预计算效应量 · P 值或 -log10(P)
相关与关联开始制作
PLATE 13肿瘤免疫多变量分布、散点和相关结果矩阵

多变量相关分析矩阵

Correlation pairs matrix

在同一矩阵中组合变量分布、两两散点、趋势线和相关结果,比较变量间的整体关系。

怎么读
对角线=单变量分布 · 下三角=两两散点与趋势
可用于
临床多指标 · 组学候选特征 · 实验指标联动
常用方法
核密度估计 · 线性回归 · Pearson 相关
所需数据
3–6 个连续变量 · group 选填 · 样本级宽表 CSV
相关与关联开始制作
PLATE 14目标变量与肿瘤免疫相关矩阵相连的网络相关热图

网络相关热图

Linked correlation heatmap

在保留变量相关矩阵的同时,以外围连线突出目标变量与其余变量的相关方向、强度和显著性。

怎么读
矩阵颜色=变量两两相关系数 · 外围连线=目标变量的重点关联
可用于
核心临床指标网络 · 候选基因网络 · 多指标目标筛选
常用方法
Pearson 相关 · Spearman 秩相关 · BH/FDR 校正
所需数据
至少 4 个数值变量 · 目标变量自选 · 样本级宽表 CSV
相关与关联 / 空间与网络开始制作
PLATE 15按分面展示 NES 与 adjusted P 的气泡热图

气泡矩阵图(可分组)

Grouped bubble matrix

在行列交叉矩阵中,用颜色和大小同时表达两个数值指标,并可选分面与列注释。

怎么读
行列=两个待比较维度 · 颜色=自选主指标
可用于
通路评分 · 药物敏感性 · 临床指标矩阵
常用方法
颜色指标映射 · 大小指标映射 · 分面与列注释选填
所需数据
行列交叉对象 · 颜色指标 · 大小指标选填 · 长表 CSV
组学结果开始制作
PLATE 16并列展示分类、连续和柱状患者特征的临床相关特征热图

样本特征热图

Sample feature heatmap

沿同一样本顺序并列展示多项特征,并组合分类色块、连续色块和数值柱状轨道。

怎么读
列=样本 · 行/轨道=自选特征
可用于
患者临床特征 · 样本分组与批次 · 动物或实验样本注释
常用方法
分类变量颜色编码 · 连续变量色阶 · 数值柱状轨道
所需数据
样本级宽表 · 分类与连续特征 · CSV
临床特征开始制作
PLATE 17带行分组和多条样本注释的表达矩阵热图

带行列注释的数值矩阵热图

Annotated numeric matrix heatmap

展示特征 × 样本数值矩阵,并结合选填行分组和多条样本注释比较整体模式。

怎么读
行=数值特征 · 列=样本
可用于
基因或蛋白表达 · 代谢与菌群矩阵 · 影像组学
常用方法
上传原值或行 Z-score · 分类与连续注释 · 数值柱状轨道
所需数据
特征 × 样本数值矩阵 · feature_group 选填 · 样本注释 CSV 选填
组学结果开始制作
PLATE 18四个时间分面中展示合成肠道微生物相对丰度的 100% 堆积柱状图

分面堆积柱状图

Faceted stacked bar plot

在多个时间点或处理阶段中并列展示每个样本的组成比例,并将每根柱归一化为 100%。

怎么读
横轴=样本 · 柱高=总组成 100%
可用于
细胞组成 · 菌群相对丰度 · 结局构成
常用方法
样本内闭合归一化 · 100% 堆积组成 · 分面比较
所需数据
非负组成值 · 分面 × 样本 × 组成项长表 · CSV
组成与比例开始制作
PLATE 19四个合成通路的 GSEA 运行富集曲线、基因命中轨道和统计摘要

GSEA 富集曲线图

GSEA enrichment plot

把已经完成的 GSEA 分析结果绘制成富集曲线,查看通路富集方向、基因命中位置和 NES、P 值、FDR。

怎么读
横轴=排序列表位置 · 曲线=运行富集分数
可用于
已完成 GSEA 的通路结果
常用方法
已有 GSEA 结果绘图 · 运行富集分数 · 基因命中位置
所需数据
已完成 GSEA 的曲线结果 · 通路 × 排序位置长表 · CSV
组学结果开始制作
PLATE 2028 名合成患者的随访、治疗区间、事件节点与临床注释泳道图

泳道图

Swimmer plot

沿同一时间轴展示患者随访、可选治疗区间、事件节点和临床特征。

怎么读
横轴=时间 · 纵轴=患者或研究对象
可用于
患者治疗历程 · 随访事件 · 动物实验时间轴
常用方法
描述性患者时间轴 · 可选治疗区间 · 动态事件节点
所需数据
患者级事件长表 · 临床分类注释 · 基线后时间(天) · CSV
临床特征 / 生存与风险开始制作
PLATE 21295 名受试者 Kaplan–Meier 生存曲线封面,含 Greenwood 置信带、删失标记、log-rank 检验和风险表

Kaplan–Meier 生存曲线

Kaplan–Meier survival curve

根据个体随访时间和结局状态估计分组生存概率,并展示删失、风险人数与组间差异。

怎么读
横轴=随访时间 · 纵轴=Kaplan–Meier 生存概率
可用于
总生存期 · 无进展生存期 · 复发或事件发生时间
常用方法
Kaplan–Meier 估计 · 未分层 log-rank 检验 · 风险表
所需数据
个体级随访数据 · 事件/删失状态 · 2–6 个组别 · 长表 CSV
生存与风险 / 临床特征开始制作
PLATE 2233 名示例受试者的累计事件发生率图封面,含删失标记、Greenwood 置信带、log-rank 检验与风险表

累计事件发生率图

Cumulative event probability plot

用 1 − Kaplan–Meier 展示二元结局的累积事件概率、删失与风险人数。

怎么读
横轴=随访时间 · 纵轴=累积事件概率
可用于
复发事件 · 并发症 · 治疗失败
常用方法
1 − Kaplan–Meier · 未分层 log-rank 检验 · 风险表
所需数据
个体级随访数据 · 事件/删失状态 · 2–6 个组 · 长表 CSV
生存与风险 / 临床特征开始制作
PLATE 23184 名无缺失合成患者的全英文 Table 1 基线特征表

Table 1 基线特征表

Table 1 baseline characteristics

汇总两组患者的基线特征;连续变量可保留原值,或按自定义切点派生二分类、三分类,并按所选方法计算可选 P 值。

怎么读
行=基线变量及水平 · 列=总体与各组统计
可用于
临床队列基线表 · 病例对照特征 · 试验分组描述
常用方法
Mean (SD) / Median [IQR] · n (%) · Welch t / Mann–Whitney U
所需数据
患者级宽表 · patient_id 与 group 必需 · 最多 30 个待汇总变量 · CSV
临床特征 / 比较与差异开始制作
PLATE 24肺结节良恶性预测模型的 Logistic 回归 ROC 曲线,包含训练集、测试集和外部验证集性能指标

Logistic 回归与 ROC 曲线

Logistic regression and ROC curves

建立二分类 Logistic 回归模型,并比较训练集、测试集或外部验证集的 ROC 曲线与预测性能。

怎么读
横轴=假阳性率(1−特异度) · 纵轴=真阳性率(敏感度)
可用于
临床预测模型 · 诊断模型 · 风险分类模型
常用方法
二分类 Logistic 回归 · ROC 与 AUC · Youden 阈值
所需数据
二分类结局 · 连续预测变量 · 训练与验证数据集 · 患者级宽表 CSV
临床特征开始制作
PLATE 25五个肿瘤状态基因集合共有与特有成员的韦恩图

多集合韦恩图

Multi-set Venn diagram

比较 2–5 个集合的共有与特有成员,并汇总每一种精确成员组合。

怎么读
形状=集合 · 重叠区域=交集组合
可用于
候选基因列表 · 病例清单 · 多方法筛选结果
常用方法
集合交并关系 · 精确成员组合 · 区域计数
所需数据
集合名称 · 成员标识 · set-item 长表 CSV
组成与比例 / 比较与差异开始制作
PLATE 26三个肿瘤免疫状态在原发灶与转移灶多维评分中的分面雷达图

雷达图与蜘蛛图

Radar and spider chart

在共享的多维坐标中比较多个组的特征轮廓,并可按分面展示不同场景或时间点。

怎么读
辐射轴=不同指标 · 半径=指标值或标准化值
可用于
多维临床评分 · 模型性能 · 细胞或样本特征轮廓
常用方法
多维轮廓比较 · 逐特征 min–max 标准化 · 原值绘图
所需数据
分组 · 特征 · 数值 · 分面选填 · 长表 CSV
比较与差异开始制作
PLATE 27三类心脏发育动力学基因模式的分组环状热图

环状热图(可分组)

Circular heatmap with optional groups

将条目的多维数值映射到同心热图轨道,并可选分组扇区与条目级辅助指标。

怎么读
圆周=条目 · 径向轨道=数值特征
可用于
表达或评分矩阵 · 临床多指标 · 药敏与代谢特征
常用方法
同心热图轨道 · 连续色阶 · 分组扇区选填
所需数据
条目 · 特征 · 连续数值 · group 与 aux_value 选填 · 长表 CSV
组学结果开始制作
PLATE 2833,600 个细胞的单细胞复合图封面,同时展示 UMAP、Lineage 细胞数和 12 个样本组成比例

单细胞 UMAP 与细胞组成图

Single-cell UMAP and composition

用预计算坐标绘制细胞亚群 UMAP;补充 Lineage 与样本编号后,可同时展示细胞数和样本组成比例。

怎么读
UMAP 位置=预计算降维坐标中的局部邻近关系 · UMAP 颜色与标签=细胞亚群
可用于
单细胞图谱概览 · 样本组成质量检查 · 细胞亚群与大类注释展示
常用方法
预计算 UMAP 坐标映射 · 可选 Lineage 全量计数 · 可选样本内组成比例
所需数据
细胞级元数据 · 二维降维坐标 · cell_type 必需 · lineage / sample_id 成对选填 · 长表 CSV
组学结果 / 组成与比例开始制作
PLATE 29Discovery、Validation 与 External 三个分子签名集合的精确交集图

UpSet 交集图

UpSet intersection plot

用交集柱和连接矩阵比较多个集合的精确成员组合,适合呈现多集合共有与特有成员。

怎么读
上方柱高=精确交集规模 · 下方点阵=该交集包含的集合
可用于
多队列共同特征 · 多方法筛选结果 · 多组候选成员
常用方法
精确集合交集 · 交集规模排序 · 集合规模统计
所需数据
集合–成员长表 · set 与 item · CSV
组学结果开始制作
PLATE 30六类肿瘤微环境细胞群及两类信号关系的加权弦图

关系弦图

Chord diagram

在环形布局中展示节点之间的加权关系、关系分组与双向连接结构。

怎么读
圆周节点=对象 · 弦带=对象间关系
可用于
细胞互作 · 科室转诊 · 变量关联网络
常用方法
节点权重汇总 · 加权弦带 · 关系分组
所需数据
加权边表 · source、target 与 value · group 选填 · CSV
空间与网络开始制作
PLATE 31转诊、诊断、治疗与结局四阶段临床路径桑基图

多阶段桑基图

Multi-stage Sankey diagram

展示对象在多个有序阶段之间的状态流转、节点规模和完整路径去向。

怎么读
横向阶段=时间点或流程节点 · 矩形节点=阶段内状态
可用于
诊疗路径 · 疾病状态转移 · 细胞命运
常用方法
完整路径汇总 · 相邻阶段流带 · 节点数量与比例
所需数据
个体或路径级长表 · 2–8 个阶段 · path_id、stage、node 与 weight · CSV
变化趋势 / 组成与比例开始制作
PLATE 32可运行 GO 富集分析与 Preranked GSEA 的分析工作台

GO/GSEA 分析工作台

GO and GSEA enrichment workbench

完成 GO/通路富集分析或 Preranked GSEA,核对匹配与统计结果,并继续制作富集总结图或 GSEA 曲线图。

怎么读
结果表=通路及统计结果 · NES / 富集倍数=富集方向与强度
可用于
差异基因功能解释 · 基因排序通路富集 · 多官方合集联合分析
常用方法
单侧超几何检验 · BH/FDR 校正 · Preranked GSEA
所需数据
基因列表或基因排序表 · 背景基因选填 · 内置官方基因集合集 · CSV
组学结果开始制作
PLATE 33Cox 回归森林图画廊封面,展示变量水平、样本量、HR、95% CI 与 P 值

Cox 回归森林图

Cox regression forest plot

从患者级时间结局数据拟合单因素或多因素 Cox 比例风险模型,并用表格化森林图汇总变量与分类水平的 HR、95% CI 和 Wald P。

怎么读
行=变量或分类水平 · 方块位置=Hazard ratio 点估计
可用于
临床预后因素 · 多变量生存模型 · 标志物风险关联
常用方法
Cox 比例风险模型 · Efron ties · 单因素或多因素建模
所需数据
患者级生存宽表 · time 与 0/1 status · 连续或分类协变量 · CSV
生存与风险 / 临床特征开始制作
PLATE 34Cox 亚组森林图画廊封面,展示总体与各亚组的事件数、HR、95% CI、P 值和交互 P

Cox 亚组森林图

Cox subgroup forest plot

从患者级时间结局数据计算总体和预设亚组内的治疗 HR,并以联合交互 P 评估治疗效应异质性。

怎么读
缩进行=亚组水平 · 两计数列=各治疗组事件数 / 总数
可用于
随机试验亚组分析 · 治疗效应一致性 · 预设临床分层
常用方法
Cox 比例风险模型 · Efron ties · 层内 Wald HR 与 95% CI
所需数据
患者级生存宽表 · 二水平 treatment · 分类亚组与调整变量 · CSV
生存与风险 / 临床特征开始制作
PLATE 35ACSF、Puerarin 与 Wash 三条件下的配对散点连线和多重比较标注

多组配对连线图

Paired comparison plot

比较同一批对象在多个条件或时间点下的连续测量,并保留每个对象的变化方向与成对关系;支持 2–6 个连续配对条件。

怎么读
横轴=条件或时间点 · 纵轴=连续测量值
可用于
处理前后比较 · 多条件实验 · 同一患者多时间点
常用方法
双侧配对 t 检验 · Wilcoxon 符号秩检验 · Holm 校正
所需数据
连续数值 · 同一对象 2–6 个连续配对条件 · 长表 CSV
比较与差异 / 变化趋势开始制作
PLATE 36六个连续指标中 ATT 与 ECC 两条件的配对 t 检验、原始点、连线和汇总层

配对 t 检验

Paired t-test

同时生成 1–12 组配对检验(最多 12 个指标/分面),并列查看同一批对象在同一对两个条件下的变化。

怎么读
小图标题=连续指标 · 横轴=共享的两个条件
可用于
治疗前后多指标 · 配对实验终点 · 同一患者两条件检测
常用方法
双侧配对 t 检验 · Wilcoxon 符号秩检验 · Holm 校正
所需数据
连续数值 · 1–12 个指标共享同一对两个条件 · 每个指标至少 3 个完整配对 · 长表 CSV
比较与差异开始制作
PLATE 37带分组、响应标记和双分类注释轨道的最佳变化瀑布图

带注释的瀑布图

Annotated waterfall plot

按对象排序展示有方向的最佳变化,并将分组、响应形状和分类注释严格对齐到同一对象。

怎么读
横向顺序=对象按最佳变化或自定义顺序排列 · 柱高与方向=上传的 best_change
可用于
肿瘤最佳疗效 · 患者或样本级干预前后变化 · 带分类注释的有方向变化量
常用方法
患者级最佳变化排序 · 描述性参考线 · 动态响应标记
所需数据
患者级最佳变化 · 分组 · 响应与分类注释选填 · CSV
临床特征 / 比较与差异开始制作
PLATE 38TCGA 参考队列的突变矩阵、突变负荷、基因频率与临床注释轨道

带临床注释的突变瀑布图

OncoPrint with clinical annotations

核心展示样本突变负荷、基因×样本突变矩阵和基因突变频率,并可按需增加临床特征轨道。

怎么读
中央矩阵=基因×样本中的突变类型,可显示同格多突变 · 顶部柱=每个样本的突变记录数
可用于
肿瘤队列突变景观 · 靶向基因 panel 汇总 · 基因组与临床特征联合展示
常用方法
OncoPrint 突变矩阵 · 样本突变记录数 · 基因携带频率
所需数据
必填:样本、基因、突变类型 · 可选:T 分期、总体分期、性别、年龄 · 长表 CSV
组学结果 / 临床特征开始制作

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