FIGURE DISCOVERY LAB · OPEN 38
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找到 38 张图表
小提琴图
Violin plot
同时查看两组数据的分布形态、离散程度、中位数与原始观测值。
- 怎么读
- 横轴=组别 · 纵轴=连续数值
- 可用于
- 两组患者指标 · 实验与对照 · 不同分型表达量
- 常用方法
- Mann–Whitney U 检验 · Wilcoxon 秩和检验 · 核密度估计
- 所需数据
- 连续数值 · 独立两组 · 长表 CSV
多组并列小提琴图
Grouped violin plot
在一个共享纵轴的宽画布中,比较多个类别下同一对全局分组的数据分布与逐类别差异。
- 怎么读
- 横轴=指标或类别 · 纵轴=连续数值
- 可用于
- 多基因表达 · 多指标组间比较 · 不同细胞亚群评分
- 常用方法
- Mann–Whitney U 检验 · Wilcoxon 秩和检验 · BH/FDR 校正
- 所需数据
- 连续数值 · 固定两个全局组 · 2–10 个类别 · 长表 CSV
分组趋势折线图
Grouped line plot
比较多个组在有序时间点上的均值变化,并用标准误表达当前样本的不确定性。
- 怎么读
- 横轴=有序时间、剂量或阶段 · 纵轴=汇总数值
- 可用于
- 随访指标 · 药物剂量反应 · 动物实验时间序列
- 常用方法
- 均值 · 标准误(SE) · 描述性时间趋势
- 所需数据
- 连续数值 · 2–6 个组 · 2–12 个时间点 · 长表 CSV
分组蜂群点图
Grouped beeswarm plot
并列查看多个阶段中各组的原始观测分布,并以均值线概括中心位置。
- 怎么读
- 横轴=阶段 × 组别 · 纵轴=连续数值
- 可用于
- 患者个体值 · 细胞或动物观测 · 多阶段实验结果
- 常用方法
- 原始观测 · 确定性抖动 · 均值
- 所需数据
- 连续数值 · 2–4 个阶段 · 2–8 个组 · 长表 CSV
分组柱状图
Grouped bar plot
比较多个阶段中各组的均值,同时保留原始观测和标准误。
- 怎么读
- 横轴=阶段与组别 · 柱高=均值
- 可用于
- 实验分组比较 · 疗效指标 · 多时间点终点
- 常用方法
- 均值 · 标准误(SE) · 原始观测
- 所需数据
- 连续数值 · 2–4 个阶段 · 2–8 个组 · 长表 CSV
山脊密度图
Ridgeline plot
按组和可选分面比较连续变量的分布形态,并可叠加分类注释、背景分块或原始观测条码。
- 怎么读
- 横轴=连续数值 · 山脊宽度=局部密度
- 可用于
- 患者评分分布 · 表达量分布 · 多队列分面
- 常用方法
- Gaussian 核密度估计 · 可选分类注释 · 可选原始观测条码
- 所需数据
- 连续数值 · 分组长表 · annotation、block、facet 选填 · CSV
双向堆叠面积图
Diverging stacked area chart
以零线分隔两类状态,连续展示各类别随时间变化的数量或侧内构成。
- 怎么读
- 横轴=时间或随访阶段 · 零线上下=两类方向相反的医学状态
- 可用于
- 传染病新增与康复监测 · 症状恶化与缓解构成 · 生物标志物上调与下调趋势
- 常用方法
- 双向堆叠面积 · 可选侧内 100% 归一化 · 纵向描述性趋势
- 所需数据
- 时间点 · 正负两类状态 · 非负计数或比例 · 长表 CSV
带显著性检验的分组柱状图
Grouped bar plot with significance testing
自由选择两组或多组比较组合,并根据组数与配对结构自动完成经校正的统计检验。
- 怎么读
- 柱高=组均值 · 误差棒=SD、SE 或 95% CI
- 可用于
- 多终点实验 · 剂量组比较 · 生物标志物比较
- 常用方法
- Welch/配对 t 检验 · Welch/重复测量 ANOVA · Holm 多重校正
- 所需数据
- 样本级连续数值 · 2–6 个组 · 1–12 个指标 · 长表 CSV
差异火山图
Differential volcano plot
用效应方向与大小、显著性同时筛选并突出差异条目,不限定条目必须是基因。
- 怎么读
- 横轴=效应方向和大小 · 纵轴=−log10(P/q/FDR)
- 可用于
- 基因或蛋白 · 代谢物或菌群 · 细胞类型
- 常用方法
- 效应量阈值 · P/q/FDR 阈值 · −log10(显著性)
- 所需数据
- 已完成的差异分析结果 · 条目级表格 · CSV
经典相关性矩阵热图
Correlation matrix heatmap
集中展示多个连续变量两两相关的方向、强度与统计显著性,并可选变量分类色条。
- 怎么读
- 横纵轴=同一组连续变量 · 颜色=相关系数方向与强度
- 可用于
- 临床指标相关 · 组学特征相关 · 动物实验指标相关
- 常用方法
- Pearson 相关 · Spearman 秩相关 · BH/FDR 校正
- 所需数据
- 样本级宽表 · 数值变量 · 变量分组 CSV 选填
散点相关性图
Correlation scatter plot
展示一对连续变量的原始观测、相关系数、回归趋势与置信区间,并用可选边际分布检查偏态、离群值和组间差异。
- 怎么读
- 横轴=变量 X · 纵轴=变量 Y
- 可用于
- 临床指标关联 · 表达与浸润 · 剂量与反应
- 常用方法
- Pearson 相关 · Spearman 秩相关 · 线性回归
- 所需数据
- x 与 y 数值列 · group 选填 · 样本级 CSV
效应量棒棒糖图
Effect-size lollipop plot
在多个特征中同时展示预计算效应量的方向、大小和 P 值显著性层级。
- 怎么读
- 棒的方向与长度=效应量的方向与大小 · 点大小=效应量绝对值
- 可用于
- 相关与偏相关 · 回归系数 · 差异表达 log₂FC
- 常用方法
- 预计算方向性效应量 · -log10(P) 五级分层 · 绝对效应量点尺寸
- 所需数据
- 特征名称 · 预计算效应量 · P 值或 -log10(P)
多变量相关分析矩阵
Correlation pairs matrix
在同一矩阵中组合变量分布、两两散点、趋势线和相关结果,比较变量间的整体关系。
- 怎么读
- 对角线=单变量分布 · 下三角=两两散点与趋势
- 可用于
- 临床多指标 · 组学候选特征 · 实验指标联动
- 常用方法
- 核密度估计 · 线性回归 · Pearson 相关
- 所需数据
- 3–6 个连续变量 · group 选填 · 样本级宽表 CSV
网络相关热图
Linked correlation heatmap
在保留变量相关矩阵的同时,以外围连线突出目标变量与其余变量的相关方向、强度和显著性。
- 怎么读
- 矩阵颜色=变量两两相关系数 · 外围连线=目标变量的重点关联
- 可用于
- 核心临床指标网络 · 候选基因网络 · 多指标目标筛选
- 常用方法
- Pearson 相关 · Spearman 秩相关 · BH/FDR 校正
- 所需数据
- 至少 4 个数值变量 · 目标变量自选 · 样本级宽表 CSV
气泡矩阵图(可分组)
Grouped bubble matrix
在行列交叉矩阵中,用颜色和大小同时表达两个数值指标,并可选分面与列注释。
- 怎么读
- 行列=两个待比较维度 · 颜色=自选主指标
- 可用于
- 通路评分 · 药物敏感性 · 临床指标矩阵
- 常用方法
- 颜色指标映射 · 大小指标映射 · 分面与列注释选填
- 所需数据
- 行列交叉对象 · 颜色指标 · 大小指标选填 · 长表 CSV
样本特征热图
Sample feature heatmap
沿同一样本顺序并列展示多项特征,并组合分类色块、连续色块和数值柱状轨道。
- 怎么读
- 列=样本 · 行/轨道=自选特征
- 可用于
- 患者临床特征 · 样本分组与批次 · 动物或实验样本注释
- 常用方法
- 分类变量颜色编码 · 连续变量色阶 · 数值柱状轨道
- 所需数据
- 样本级宽表 · 分类与连续特征 · CSV
带行列注释的数值矩阵热图
Annotated numeric matrix heatmap
展示特征 × 样本数值矩阵,并结合选填行分组和多条样本注释比较整体模式。
- 怎么读
- 行=数值特征 · 列=样本
- 可用于
- 基因或蛋白表达 · 代谢与菌群矩阵 · 影像组学
- 常用方法
- 上传原值或行 Z-score · 分类与连续注释 · 数值柱状轨道
- 所需数据
- 特征 × 样本数值矩阵 · feature_group 选填 · 样本注释 CSV 选填
分面堆积柱状图
Faceted stacked bar plot
在多个时间点或处理阶段中并列展示每个样本的组成比例,并将每根柱归一化为 100%。
- 怎么读
- 横轴=样本 · 柱高=总组成 100%
- 可用于
- 细胞组成 · 菌群相对丰度 · 结局构成
- 常用方法
- 样本内闭合归一化 · 100% 堆积组成 · 分面比较
- 所需数据
- 非负组成值 · 分面 × 样本 × 组成项长表 · CSV
GSEA 富集曲线图
GSEA enrichment plot
把已经完成的 GSEA 分析结果绘制成富集曲线,查看通路富集方向、基因命中位置和 NES、P 值、FDR。
- 怎么读
- 横轴=排序列表位置 · 曲线=运行富集分数
- 可用于
- 已完成 GSEA 的通路结果
- 常用方法
- 已有 GSEA 结果绘图 · 运行富集分数 · 基因命中位置
- 所需数据
- 已完成 GSEA 的曲线结果 · 通路 × 排序位置长表 · CSV
泳道图
Swimmer plot
沿同一时间轴展示患者随访、可选治疗区间、事件节点和临床特征。
- 怎么读
- 横轴=时间 · 纵轴=患者或研究对象
- 可用于
- 患者治疗历程 · 随访事件 · 动物实验时间轴
- 常用方法
- 描述性患者时间轴 · 可选治疗区间 · 动态事件节点
- 所需数据
- 患者级事件长表 · 临床分类注释 · 基线后时间(天) · CSV
Kaplan–Meier 生存曲线
Kaplan–Meier survival curve
根据个体随访时间和结局状态估计分组生存概率,并展示删失、风险人数与组间差异。
- 怎么读
- 横轴=随访时间 · 纵轴=Kaplan–Meier 生存概率
- 可用于
- 总生存期 · 无进展生存期 · 复发或事件发生时间
- 常用方法
- Kaplan–Meier 估计 · 未分层 log-rank 检验 · 风险表
- 所需数据
- 个体级随访数据 · 事件/删失状态 · 2–6 个组别 · 长表 CSV
累计事件发生率图
Cumulative event probability plot
用 1 − Kaplan–Meier 展示二元结局的累积事件概率、删失与风险人数。
- 怎么读
- 横轴=随访时间 · 纵轴=累积事件概率
- 可用于
- 复发事件 · 并发症 · 治疗失败
- 常用方法
- 1 − Kaplan–Meier · 未分层 log-rank 检验 · 风险表
- 所需数据
- 个体级随访数据 · 事件/删失状态 · 2–6 个组 · 长表 CSV
Table 1 基线特征表
Table 1 baseline characteristics
汇总两组患者的基线特征;连续变量可保留原值,或按自定义切点派生二分类、三分类,并按所选方法计算可选 P 值。
- 怎么读
- 行=基线变量及水平 · 列=总体与各组统计
- 可用于
- 临床队列基线表 · 病例对照特征 · 试验分组描述
- 常用方法
- Mean (SD) / Median [IQR] · n (%) · Welch t / Mann–Whitney U
- 所需数据
- 患者级宽表 · patient_id 与 group 必需 · 最多 30 个待汇总变量 · CSV
Logistic 回归与 ROC 曲线
Logistic regression and ROC curves
建立二分类 Logistic 回归模型,并比较训练集、测试集或外部验证集的 ROC 曲线与预测性能。
- 怎么读
- 横轴=假阳性率(1−特异度) · 纵轴=真阳性率(敏感度)
- 可用于
- 临床预测模型 · 诊断模型 · 风险分类模型
- 常用方法
- 二分类 Logistic 回归 · ROC 与 AUC · Youden 阈值
- 所需数据
- 二分类结局 · 连续预测变量 · 训练与验证数据集 · 患者级宽表 CSV
多集合韦恩图
Multi-set Venn diagram
比较 2–5 个集合的共有与特有成员,并汇总每一种精确成员组合。
- 怎么读
- 形状=集合 · 重叠区域=交集组合
- 可用于
- 候选基因列表 · 病例清单 · 多方法筛选结果
- 常用方法
- 集合交并关系 · 精确成员组合 · 区域计数
- 所需数据
- 集合名称 · 成员标识 · set-item 长表 CSV
雷达图与蜘蛛图
Radar and spider chart
在共享的多维坐标中比较多个组的特征轮廓,并可按分面展示不同场景或时间点。
- 怎么读
- 辐射轴=不同指标 · 半径=指标值或标准化值
- 可用于
- 多维临床评分 · 模型性能 · 细胞或样本特征轮廓
- 常用方法
- 多维轮廓比较 · 逐特征 min–max 标准化 · 原值绘图
- 所需数据
- 分组 · 特征 · 数值 · 分面选填 · 长表 CSV
环状热图(可分组)
Circular heatmap with optional groups
将条目的多维数值映射到同心热图轨道,并可选分组扇区与条目级辅助指标。
- 怎么读
- 圆周=条目 · 径向轨道=数值特征
- 可用于
- 表达或评分矩阵 · 临床多指标 · 药敏与代谢特征
- 常用方法
- 同心热图轨道 · 连续色阶 · 分组扇区选填
- 所需数据
- 条目 · 特征 · 连续数值 · group 与 aux_value 选填 · 长表 CSV
单细胞 UMAP 与细胞组成图
Single-cell UMAP and composition
用预计算坐标绘制细胞亚群 UMAP;补充 Lineage 与样本编号后,可同时展示细胞数和样本组成比例。
- 怎么读
- UMAP 位置=预计算降维坐标中的局部邻近关系 · UMAP 颜色与标签=细胞亚群
- 可用于
- 单细胞图谱概览 · 样本组成质量检查 · 细胞亚群与大类注释展示
- 常用方法
- 预计算 UMAP 坐标映射 · 可选 Lineage 全量计数 · 可选样本内组成比例
- 所需数据
- 细胞级元数据 · 二维降维坐标 · cell_type 必需 · lineage / sample_id 成对选填 · 长表 CSV
UpSet 交集图
UpSet intersection plot
用交集柱和连接矩阵比较多个集合的精确成员组合,适合呈现多集合共有与特有成员。
- 怎么读
- 上方柱高=精确交集规模 · 下方点阵=该交集包含的集合
- 可用于
- 多队列共同特征 · 多方法筛选结果 · 多组候选成员
- 常用方法
- 精确集合交集 · 交集规模排序 · 集合规模统计
- 所需数据
- 集合–成员长表 · set 与 item · CSV
关系弦图
Chord diagram
在环形布局中展示节点之间的加权关系、关系分组与双向连接结构。
- 怎么读
- 圆周节点=对象 · 弦带=对象间关系
- 可用于
- 细胞互作 · 科室转诊 · 变量关联网络
- 常用方法
- 节点权重汇总 · 加权弦带 · 关系分组
- 所需数据
- 加权边表 · source、target 与 value · group 选填 · CSV
多阶段桑基图
Multi-stage Sankey diagram
展示对象在多个有序阶段之间的状态流转、节点规模和完整路径去向。
- 怎么读
- 横向阶段=时间点或流程节点 · 矩形节点=阶段内状态
- 可用于
- 诊疗路径 · 疾病状态转移 · 细胞命运
- 常用方法
- 完整路径汇总 · 相邻阶段流带 · 节点数量与比例
- 所需数据
- 个体或路径级长表 · 2–8 个阶段 · path_id、stage、node 与 weight · CSV
GO/GSEA 分析工作台
GO and GSEA enrichment workbench
完成 GO/通路富集分析或 Preranked GSEA,核对匹配与统计结果,并继续制作富集总结图或 GSEA 曲线图。
- 怎么读
- 结果表=通路及统计结果 · NES / 富集倍数=富集方向与强度
- 可用于
- 差异基因功能解释 · 基因排序通路富集 · 多官方合集联合分析
- 常用方法
- 单侧超几何检验 · BH/FDR 校正 · Preranked GSEA
- 所需数据
- 基因列表或基因排序表 · 背景基因选填 · 内置官方基因集合集 · CSV
Cox 回归森林图
Cox regression forest plot
从患者级时间结局数据拟合单因素或多因素 Cox 比例风险模型,并用表格化森林图汇总变量与分类水平的 HR、95% CI 和 Wald P。
- 怎么读
- 行=变量或分类水平 · 方块位置=Hazard ratio 点估计
- 可用于
- 临床预后因素 · 多变量生存模型 · 标志物风险关联
- 常用方法
- Cox 比例风险模型 · Efron ties · 单因素或多因素建模
- 所需数据
- 患者级生存宽表 · time 与 0/1 status · 连续或分类协变量 · CSV
Cox 亚组森林图
Cox subgroup forest plot
从患者级时间结局数据计算总体和预设亚组内的治疗 HR,并以联合交互 P 评估治疗效应异质性。
- 怎么读
- 缩进行=亚组水平 · 两计数列=各治疗组事件数 / 总数
- 可用于
- 随机试验亚组分析 · 治疗效应一致性 · 预设临床分层
- 常用方法
- Cox 比例风险模型 · Efron ties · 层内 Wald HR 与 95% CI
- 所需数据
- 患者级生存宽表 · 二水平 treatment · 分类亚组与调整变量 · CSV
多组配对连线图
Paired comparison plot
比较同一批对象在多个条件或时间点下的连续测量,并保留每个对象的变化方向与成对关系;支持 2–6 个连续配对条件。
- 怎么读
- 横轴=条件或时间点 · 纵轴=连续测量值
- 可用于
- 处理前后比较 · 多条件实验 · 同一患者多时间点
- 常用方法
- 双侧配对 t 检验 · Wilcoxon 符号秩检验 · Holm 校正
- 所需数据
- 连续数值 · 同一对象 2–6 个连续配对条件 · 长表 CSV
配对 t 检验
Paired t-test
同时生成 1–12 组配对检验(最多 12 个指标/分面),并列查看同一批对象在同一对两个条件下的变化。
- 怎么读
- 小图标题=连续指标 · 横轴=共享的两个条件
- 可用于
- 治疗前后多指标 · 配对实验终点 · 同一患者两条件检测
- 常用方法
- 双侧配对 t 检验 · Wilcoxon 符号秩检验 · Holm 校正
- 所需数据
- 连续数值 · 1–12 个指标共享同一对两个条件 · 每个指标至少 3 个完整配对 · 长表 CSV
带注释的瀑布图
Annotated waterfall plot
按对象排序展示有方向的最佳变化,并将分组、响应形状和分类注释严格对齐到同一对象。
- 怎么读
- 横向顺序=对象按最佳变化或自定义顺序排列 · 柱高与方向=上传的 best_change
- 可用于
- 肿瘤最佳疗效 · 患者或样本级干预前后变化 · 带分类注释的有方向变化量
- 常用方法
- 患者级最佳变化排序 · 描述性参考线 · 动态响应标记
- 所需数据
- 患者级最佳变化 · 分组 · 响应与分类注释选填 · CSV
带临床注释的突变瀑布图
OncoPrint with clinical annotations
核心展示样本突变负荷、基因×样本突变矩阵和基因突变频率,并可按需增加临床特征轨道。
- 怎么读
- 中央矩阵=基因×样本中的突变类型,可显示同格多突变 · 顶部柱=每个样本的突变记录数
- 可用于
- 肿瘤队列突变景观 · 靶向基因 panel 汇总 · 基因组与临床特征联合展示
- 常用方法
- OncoPrint 突变矩阵 · 样本突变记录数 · 基因携带频率
- 所需数据
- 必填:样本、基因、突变类型 · 可选:T 分期、总体分期、性别、年龄 · 长表 CSV
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